Le fonds d'impulsion, de garantie et d'accompagnement des micros, très petites, petites et moyennes entreprises et de l'artisanat est administré par un conseil d'administration et géré par une direction générale. Le président du conseil d'administration, le directeur général et le directeur général adjoint du fonds d'impulsion, de garantie et d'accompagnement des micros, très petites, petites et moyennes entreprises et de l'artisanat sont nommés par décret en Conseil des ministres.