Le service de la comptabilité est dirigé et animé par un chef de service. II est chargé, notamment, de :
- tenir à jour la comptabilité des opérations, en informer le directeur général de la caisse congolaise d’amortissement et conserver les pièces justificatives y relatives ;
- retracer tous les comptes utilisés par le budget Etat ;
- produire les états financiers en fin d’exercice budgétaire, sur la dette publique, qui intègre la comptabilité du directeur général du trésor public ;
- produire les états financiers de la caisse congolaise d’amortissement destinés au comité de direction, la direction générale des comptes public et du patrimoine et à la Cour des comptes et de discipline budgétaire ;
- tenir la balance des opérations comptables réalisées à la caisse congolaise d’amortissement.